O início da colonização portuguesa no território brasileiro foi à primeira invasão estrangeira da história do país, então denominado pelos nativos tupis como Pindorama, que significa "Terra das Palmeiras". A resposta imediata foi longos embates, entre eles a Guerra dos Bárbaros. Houve ainda disputas com os franceses, que tentavam se implantar na América pela pirataria e pelo comércio do Pau-Brasil, chegando a criar uma guerra luso-francesa. Tudo isso culminou com a expulsão dos franceses trazidos por Nicolas Durand de Villegagnon, que haviam construído Forte Coligny no Rio de Janeiro, estabelecendo-se em definitivo a hegemonia portuguesa. O século XVII vê um grande desenvolvimento da agricultura, que usa a mão-de-obra escrava de Negros africanos, com culturas de tabaco e especialmente da cana-de-açúcar na Bahia, Pernambuco, e mais tardiamente no Rio de Janeiro. As expedições chamadas de Entradas e Bandeiras dos paulistas descobriram o ouro, pedras preciosas em Minas Gerais e ervas no sertão. As colônias nordestinas foram ocupadas pelos holandeses em 1624, e entre 1630 e 1654, principalmente sob o comando de Maurício de Nassau, sendo ao final expulsos na batalha de Guararapes. Nessa época foi fundado o Quilombo dos Palmares, liderado por Zumbi, guerreiro, que congregava milhares de negros fugidos dos engenhos de cana do nordeste brasileiro e alguns índios e brancos pobres ou indesejáveis. Este "sub-mundo" foi finalmente destruído, não sem uma resistência heróica e violenta, pelos bandeirantes portugueses comandados por Domingos Jorge Velho, tendo seu líder sido morto e decapitado (segundo a tradição não-oficial, Zumbi teria conseguido fugir). No século XVIII, ainda que a produção do açúcar não tenha perdido sua importância, as atenções da Coroa se concentravam na região das Minas Gerais onde se tinha descoberto ouro. Os portugueses apoderaram-se de toneladas de ouro brasileiro neste processo. Este, entretanto, esgota-se antes do final do século.